Perjalanan politiknya semakin mengukuhkan diri saat terpilih sebagai anggota DPR RI pada Pemilu 1999 mewakili PKB. Keberhasilannya menjadi Wakil Ketua DPR RI pada periode 1999-2004 menjadi sorotan, mengingat usianya yang masih muda saat itu.
Kiprah sebagai Menteri di Era SBY
Pada Pemilu 2004, Muhaimin kembali terpilih sebagai anggota DPR RI dan memegang jabatan Wakil Ketua DPR RI periode 2004-2009. Kepemimpinannya di PKB terus terjaga, dan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memberinya kepercayaan sebagai Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi pada periode 2009-2014.
Bakat dalam Dunia Penulisan
Tidak hanya berkiprah dalam politik, Cak Imin juga menunjukkan bakatnya sebagai penulis melalui sejumlah buku yang telah ia tulis. Buku-buku tersebut mengangkat tema-tema penting seputar demokrasi, pemikiran Gus Dur, multikulturalisme, dan visi untuk Indonesia yang lebih baik, di antara judulnya sebagai berikut:
- "Melampaui Demokrasi; Merawat Bangsa dengan Visi Ulama" (Klik.R, Yogyakarta, 2006)
- "Momentum Untuk Bangkit, Percikan Pemikiran Ekonomi, Politik dan Kebangsaan" (LKiS, 2009)
- "Melanjutkan Pemikiran dan Perjuangan Gus Dur" (LKiS, 2010)
- "Intoleransi, Diskriminasi dan Politik Multikulturalisme" (LKiS Yogyakarta)
- "Visioning Indonesia" (LP3ES, 2022), dan beberapa buku lainnya.
