Salah satu teori yang paling populer adalah gagasan CIA atau orang-orang yang terkait dengan CIA terlibat dalam pembunuhan Kennedy.
Beberapa teori menyebutkan orang yang berafiliasi dengan CIA melepaskan tembakan mematikan tersebut, sementara yang lainnya menyatakan bahwa CIA atau agen pemerintah lainnya mengetahui akan ada upaya untuk mengakhiri kehidupan JFK. Dan, dengan tidak adanya inisiatif untuk bertindak, menunjukan CIA terlibat dalam pembunuhan tersebut.
Laporan parlemen juga mengatakan CIA tidak terlalu aktif dalam pengumpulan dan pembagian informasi baik sebelum dan sesudah pembunuhan.
