Upaya untuk meratifikasi perjanjian tersebut kembali dilakukan oleh pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Pada tanggal 27 April 2007, bertempat di Istana Tampaksiring, Bali, Indonesia, Menteri Luar Negeri Indonesia (Hasan Wirajuda) dan Menteri Luar Negeri Singapura (George Yeo) menandatangani Perjanjian Ekstradisi Indonesia – Singapura yang disaksikan oleh Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono dan Perdana Menteri Singapura Lee Hsien Loong.
Namun perjanjian ekstradisi Indonesia – Singapura yang ditandatangani pada tahun 2007 tersebut tidak dapat diberlakukan oleh kedua negara karena Pemerintah Indonesia dan Singapura belum meratifikasi perjanjian tersebut.
Adapun alasan kedua negara belum meratifikasi Perjanjian Ekstradisi Indonesia - Singapura tersebut adalah karena Pemerintah Indonesia dan Singapura sepakat agar pengesahan perjanjian ekstradisi dilakukan secara paralel dengan pengesahan Perjanjian Kerja Sama Keamanan Indonesia – Singapura.
Dalam perkembangannya, Komisi I Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia Periode 2004 – 2009 dalam Rapat Kerja dengan Menteri Luar Negeri pada 25 Juni 2007, justru menolak untuk mengesahkan Perjanjian Kerja Sama Keamanan yang telah ditandatangani sehingga berdampak pada proses ratifikasi Perjanjian Ekstradisi Indonesia – Singapura.
Gagal di era SBY, pemerintahan Jokowi kembali berupaya untuk menyelesaikan perjanjian tersebut. Pada 8 Oktober 2019 digelar Leaders’ Retreat Indonesia – Singapura membahas kembali tentang Persetujuan Penyesuaian Batas Wilayah Informasi Penerbangan Indonesia - Singapura (Realignment Flight Information Region/FIR) dan Perjanjian Kerja Sama Keamanan.
Leaders’ Retreat adalah pertemuan tahunan antara Presiden Indonesia dengan Perdana Menteri Singapura guna membahas kerja sama yang saling menguntungkan antara kedua negara. Leaders’ Retreat dimulai pada tahun 2016 hingga saat ini.
Untuk menindaklanjuti hasil Leaders’ Retreat 2019, Menteri Hukum dan HAM RI kemudian mengusulkan agar Perjanjian Ekstradisi yang sejak awal diparalelkan dengan Perjanjian Kerja Sama Keamanan juga dibahas kembali dalam framework for discussion.
Setelah melakukan korespondensi, konsultasi dan perundingan, pada 22 Oktober 2021, Pemerintah Singapura menerima usulan Indonesia tersebut di atas.
"Perjanjian Ekstadisi Indonesia-Singapura ditandatangani di Bintan, Kepulauan Riau, pada 25 Januari 2022," tukasnya.
