Pilpres 2009, Dukung SBY-Boediono
Pada Pemilihan Presiden atau Pilpres 2009, partai ini ikut mendukung pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY)-Boediono yang kemudian menang pemilu. Hingga 2011, Ketua Umum PAN saat itu Hatta Rajasa memastikan partainya tidak akan keluar dari kaolisi pendukung pemerintah SBY hingga 2014.
"Bagi kami konsistensi adalah kehormatan," kata Hatta dalam Rapat Kerja Nasional (Rakernas) PAN, Sabtu (10/12/2011).
Namun, menjelang Pilpres 2014, sejumlah tokoh PAN mulai mengkritik SBY. Wakil Sekretaris Jenderal PAN mengatakan Presiden SBY sudah kehilangan wibawa sebagai pimpinan koalisi. Hilangnya wibawa ini disebabkan karena tidak jelasnya penghargaan dan sanksi untuk anggota koalisi. "Saya tidak melihat itu dilakukan," kata Teguh saat ditemui di kompleks parlemen, Senayan, Rabu, 15 Januari 2014.
Dia mengatakan, kepemimpinan yang efektif akan mampu menjinakkan anggota yang bandel terhadap kesepakatan bersama. "Kalau tidak taat, ditegur atau dipukul," kata dia. Walau ada polemik, PAN tetap berada di pemerintahan SBY sampai Pilpres 2014.
Pilpres 2014, Usung Prabowo-Hatta
Pada Pilpres 2014, Ketua Umum PAN Hatta Rajasa maju sebagai calon wakil presiden mendampingi Ketua Umum Gerindra Prabowo Subianto. Pemilu ini dimenangkan oleh pasangan Jokowi-Jusuf Kalla.
1 Maret 2015, Zulkifli Hasan naik menjadi Ketua Umum PAN. Hanya berselang 6 bulan, partai ini resmi bergabung dengan pemerintahan Jokowi. "Saya sangat menghargai bergabungnya PAN dengan pemerintah," kata Jokowi pada 2 September 2015.
Dalam perjalanan, PAN ternyata kerap tak sepaham dengan Jokowi. Oktober 2017 misalnya, PAN menolak Peraturan Pengganti Undang-undang Ormas yang diterbitkan Jokowi. Selan itu, petinggi-petinggi partai ini kerap berbeda garis politik dengan pemerintah.
“PAN jadi partai pemerintah rasa oposisi,” kata dia Analis Politik Universitas Indonesia (UI) Donny Gahral Adiansyah pada 17 Juli 2017.
Hingga akhirnya, kader PAN yang jadi Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokasi Asman Abnur resmi mundur. "Saya rasa posisi saya sebagai Menpan dengan partai saya di luar koalisi kerja tidak mengenakan dan membebani bapak presiden," ujarnya di Kementerian PAN RB, Selasa 14 Agustus 2018.
